O dia do transplante é chamado dia 0 (zero). O dia anterior é designado por dia -1 e assim sucessivamente. Ao dia após o transplante é chamamos dia +1 e assim sucessivamente. O procedimento do transplante em si é semelhante ao de uma transfusão. A medula é administrada através do cateter do doente. O enfermeiro explica todo o processo ao doente e fica com o doente durante o transplante. O médico também permanece no serviço. Antes e durante o transplante são avaliados os sinais vitais e o doente fica com monitorização cardíaca.
As reacções que podem surgir são raras e são idênticas às que se verificam durante transfusões: febre, arrepios, hipotensão, manchas na pele e pápulas.
Os doentes que fazem auto-transplante, por vezes queixam-se de mal-estar, náuseas, vómitos, cólicas abdominais e cefaleias. Estes sintomas são facilmente controláveis com medicação adequada e aliviam rapidamente. Raramente surgem alterações do ritmo cardíaco que, em geral, passam sem qualquer tratamento.
