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A doença veno-oclusiva hepática surge em cerca de 20% dos doentes e resulta, também, do regime preparatório de condicionamento. As paredes dos vasos hepáticos dilatam-se, acumula-se fibrina no interior desses pequenos vasos, impedindo a circulação normal no fígado, podendo mesmo bloquear as pequenas veias hepáticas. Disto resulta aumento de peso por retenção de água no corpo, edemas e ascite (líquido na cavidade abdominal). Os doentes ficam com icterícia porque a drenagem da bílis está também dificultada. Nas formas mais graves, pode resultar uma alteração acentuada da função hepática. O tratamento visa aliviar os sintomas, reduzir o inchaço e a ascite, enquanto o fígado se vai regenerando a si próprio.