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Mas nem todos os doentes que podem beneficiar com o transplante têm o mesmo risco e a mesma possibilidade de sucesso. O sucesso depende do tipo de doença e dos factores de risco associados.
Em geral, os doentes jovens suportam melhor o transplante do que os mais velhos: quer dizer, têm menos efeitos tóxicos e menos complicações graves.
Quanto mais precocemente no decurso da doença for efectuado o transplante, melhor. As células malignas tendem a tornar-se resistentes à quimioterapia e à radioterapia depois de muitos tratamentos; por conseguinte, a possibilidade da doença recair depois do transplante é também maior em fases mais avançadas do que em fases mais precoces. Para além disso, ciclos repetidos de quimioterapia vão "desgastando" e afectando os diferentes órgãos (fígado, rins, coração), tornando-os mais susceptíveis a complicações derivadas da quimioterapia em alta dose.