Infecções
A quimioterapia de condicionamento elimina a medula óssea e o sistema imunitário e destroi as barreiras naturais contra a infecção (por ex., pele e mucosas da boca, intestino, etc.). Por isso, a maioria dos doentes tem infecções. O primeiro sinal é a febre. A maioria das infecções são provocadas por micróbios que fazem parte da flora normal do doente e que só provocam doença devido à diminuição das defesas do doente, sobretudo devido à falta de glóbulos brancos. É por essa razão que os doentes permanecem isolados após o clclo de quimioterapia.
A partir do momento em que a medula produz um número de glóbulos brancos suficiente, deixa de ser necessário manter o doente isolado. O doente poderá, inclusivamente, ter alta, mas o risco de infecções persiste, sendo a mais temível a infecção pelo citomegalovirus (CMV), que é um vírus que se encontra na grande maioria das pessoas em estado latente sem provocar doença, mas que em pessoas com defesas muito diminuídas, como os doentes transplantados, pode provocar infecções muito graves. Actualmente, é possível, em muitos casos, prevenir e tratar precocemente as infecções por citomegalovirus. Para isso, é necessário uma vigilância muito frequente dos doentes, mesmo depois de terem alta. As infecções por CMV são mais frequentes nos doentes que fizeram transplante alogénico e que têm doença enxerto contra hospedeiro.